我院是以水产养殖为基础发展起来的学院，水产养殖学科在全国名列第二。在水产养殖学科发展过程中，历来重视水产养殖与水域环境质量的相互影响。上世纪八十年代即集中开展了水域环境方面的科学研究，在水域环境保护与治理方面积累了厚实的学科基础。1994年至1996年曾招收了三届水域环境保护专业专科生，具备一套完整的教学计划、教学管理体系和一支稳定的师资队伍，积累了办学经验。之后，学院持续开设了一批环境类专业课程，二十年从未间断。相关过程如环境科学概论、环境质量评价与规划、环境法与环境管理、水环境化学、环境微生物学、水域环境监测与保护、环境毒理学、环境分析化学、环境工程、仪器分析、污水治理、污水生物学、生态学、海水化学、同位素监测等多达20余门。

2002年，学院在以我国知名养殖水质专家臧维玲教授领衔的水化学教研室基础上筹建环境科学专业。同年，申请设置环境科学本科专业获批，并于2003年开始招生。为了办好环境科学专业，校院两级加大了资源投入，本专业得到快速发展。为了改善实验教学条件，学院新建了环境化学实验室，并连续三期入选我校重点建设实验室。同时，与外单位合作建设了包括上海市环境监测中心在内的一批优秀实习基地。2006年我校获得环境科学二级学科硕士点，开始招收环境科学研究生。

2007年，学院合并养殖水域环境学科点和水域生态学科点组建环境科学与生态系，并且抽调了何培民、薛俊增等一批知名教授充实环境科学教师队伍，以适应环境学科的发展要求。在我校2010~2020年发展定位规划中，环境科学专业被确定为重点建设的扶特专业。2008年，以本专业教师为基础的水域环境生态上海高校工程研究中心获准成立，该中心着力生态环境修复的科学研究、技术开发和工程治理，为环境科学专业提供教学、科研、社会服务和学生实践的重要平台。同年，上海海洋大学海洋科学研究院海洋生态与生态修复研究所成立，开展以海洋环境和极地环境为特色的环境科学研究。2010年，获得环境科学与工程一级学科硕士点。2011年，我系船舶压载水检测实验室获得国家CNAS认证，洋山野外生态观测站揭牌，成为开展海洋生态环境教学、科学研究和技术服务的重要阵地。2012年，为期三年的上海市环境科学本科教育高地建设项目顺利通过验收，标志着我校环境科学专业建设和本科教学处于领先水平。

在环境科学专业十年发展历程中，逐渐形成了水域生态环境修复和海洋生态环境研究两个鲜明特色，这两大优势也成为我校领跑环境科学专业发展的倚仗。2013年学院机构改革中，保留了海洋生态与环境系完整建制，成为学院三大主干系之一。全系教师合并为环境科学、生态与园林两个教研室，为进一步凝聚力量、深化改革、凸显优势、提高质量，促进环境科学专业的腾飞奠定了坚实基础。

目前，环境科学本科专业和硕士点由海洋生态与环境系托管，该系师资力量雄厚，教学梯队结构合理。专门从事环境科学专业教学和学科建设的教师共有12名，包括教授3名，博士生导师2名，硕士生导师6名，具有博士学历的教师10名，具有国外留（访）学经历的教师7名，形成了一支人员稳定、结构合理的教师队伍。另外，本专业还聘有有双聘院士1名、客座教授2名。46岁以上的教师3人，中年教师5人，青年教师4人，中青年教师占四分之三。从学缘结构看，3名来自华东师范大学，2名来自同济大学和南京农业大学，其他还有毕业自华东理工大学、中科院上海药物研究所、上海海洋大学、日本东京大学、韩国国立全南大学各1名。